南县商务局成立于2005年, 局机关下设办公室、财务审计股、电子商务股、市场体系建设股、市场运行股、市场秩序股、商贸流通服务股。县商务局所属事业单位县商务企业服务中心、县投资促进服务中心、县市场服务中心、县对外贸易服务中心。县商务局机关行政编制10名，设局长1名，副局长2名，股级职数7名。

南县商务局属县政府职能机构，履行全县商贸流通管理，商业网点规划，城乡体系市场建设，保障市场供给、有序合法经营，确保相关商务行政法规、条例办法全面、准确实施的职责。