南县卫生健康局机关内设办公室、人事股、财务股、规信股、法监股、体改股、医政股、中医药管理股、血防股、爱卫股等14个行政和业务股室。局机关行政编制为21名。其中：局长1名，副局长3名；股级职数14名（含纪检组副组长兼监察室主任）。机关后勤服务人员全额拨款事业编制1名（人员只出不进、编制空一减一）。县委卫健工委成员配置4名。

　　南县共有医疗机构429家，其中，县级医疗机构5家（含县精神病医院分院），民营医院7家，乡镇（中心）卫生院19家（含南洲镇卫生院分院），社区卫生服务中心1个，血防医院和基层血防站5家，疾病预防控制中心1家，备案诊所36家，医务室6家，门诊部4家，中医诊所5家，村卫生室和卫生所340家。