南县卫生健康局机关内设办公室、人事股、财务股、规信股、法监股、体改股、医政股、中医药管理股、血防股、爱卫股、中医药管理股等16个行政和业务股室。局机关行政编制为21名。其中：局长1名，副局长4名；股级职数16名（含纪检组副组长兼监察室主任）。机关后勤服务人员全额拨款事业编制1名（人员只出不进、编制空一减一）。局党组成员配置5名。

　　全县共有各级各类医疗机构477个。其中县直医疗机构6个，民营医院8个,乡镇（中心）卫生院19个,社区卫生服务中心1个,基层血防站4所和1家疾控中心，备案诊所37家，村卫生室401个。