南县卫健局机关内设办公室、医政股、防保股、项目信息股、法监股、人事股、计财股、、血防办、爱卫办等15个行政和业务股室。县卫生和计划生育局机关行政编制为24名。其中：局长1名，副局长3名；股级职数16名（含纪检组副组长兼监察室主任）。机关后勤服务人员全额拨款事业编制2名（人员只出不进、编制空一减一）。局党组成员配置4名。

全县共有各级各类医疗机构557个。其中公办医疗卫生单位31个。含县直医疗卫生单位7个,中心卫生院5家,乡镇卫生院13个,社区卫生服务中心1个,基层血防站4所和1家财务集中核算中心。另有民营医院9家，村卫生室334个，个体诊所50家。

2020年全卫生系统在职人员1698人,加上离退休人员856人,总计2754人。在职人员中，在编1508人，临聘人员190人。卫生专业技术人员1374人，占总数的80.9%，具有高级职称资格的75人。全县共设床位1922张，年门诊574961万人，年住院78923人次，全县医疗卫生单位业务总收入为2.9598亿元。