1996年7月4日，松澧洪道的武圣宫段率先进入防汛水位，至7月7日上午，全县5大堤垸20个乡镇的336公里一线防洪大堤进入防汛水位，其中武圣宫、厂窖、茅草街三镇超危险水位，全县洪水超大堤0.5米以上的达143公里。

7月22日，因华容县幸福垸溃决，导致南县同兴垸被洪水淹没，华阁镇和河口乡7000公顷农田被淹，7万多群众被困。县委、县政府采取果断措施，将被困群众转移到明山头、乌嘴、八百弓等地，并紧急动员全县人民伸出友爱之手，救助受灾群众。

1998年元月，中德合作造林项目正式启动。至2004年造林结束。全县完成防浪林造林1600公顷、经济林造林80公顷、庭院造林160.6公顷。获得造林资金342.48万元，其中德方资金296.28万元。

是年6月25日，全县进入防汛水位，全年防汛86天，其中高危水位66天，全县人民奋力抗洪，未溃一堤一垸。

1999年11月28日，县委、县政府发出《关于进一步加快小城镇建设的决定》。

是年，南县被农业部定为长江中下游双低优质油菜开发基地县。

是年，启动县城扩建工程，动工新建兴盛路、沿湖路。

2000年9月25日，茅草街大桥建设奠基。10月26日正式开工建设。该桥由六座桥梁组成，跨越松澧洪道、藕池河中支、南茅运河、沱江四条河流，连沅江市的南嘴、南县的西洲、茅草街、长春四岸，接南西线、东胜线、乐漉3条主要地方公路和省道监茅线、南迎线。